BioAlignGUI es una interfase grafica freeware disponible para plataforma windows que permite ejecutar diferentes programas de alineación de secuencias genómicas estableciendo en detalle los parámetros del cálculo. Las opciones de cálculo se seleccionan mediante elementos gráficos, pero también se pueden incluir parámetros textualmente. El programa permiter guardar el texto completo de la parametrización en un archivo que puede ser cargado y ejecutado posteriormente, sin tener que repetir la selección de las opciones (Load Params Save Params). Adicionalmente podemos bloquear el campo de parámetros (lock unlock ), lo que nos permite introducir manualmente los parámetros de cálculo Para aquellos programas que generan los árboles filogenéticos en forma automática, éstos se pueden visualizar mediante los botones T/Tree y D/Tree. Mediante el botón (F/Tree) podemos generar los árboles filogenéticos a partir de las secuencias alineadas mediante los programas FastTree y PhyNML (en el caso de PROBCONS el formato de alineación debe ser MFA). También podemos visualizar los alineamientos en las interfases gráficas clustalx y AliView mediante los botones clustalx y AliView Los programas de alineación incluidos son: ClustalW2 ClustalO Muscle KAlign DiAlign Pagan Prank PCMA MAFFT PROBCONS : Sólo proteinas AMAP : Sólo proteinas Adicionalmente hay disponibles varios menúes (configurables por el usuario) que permiten entre otras cosas accesar a alineamientos en la web, visualización de árboles filogenéticos en la web, suites de bioinformática, etc Descargar BioAlignGUI.zip y descomprimir en cualquier directorio, a continuación ejecutar el archivo BioAlignGUI.exe